与EOS R5相比，EOS R5 Mark II除了可识别追踪人物眼部、脸部、头部、身体，以及猫、狗、鸟、赛车外，还将可识别和追踪被摄体对象范围扩展到人物上半身、马、火车、飞机。
此前在佳能EOS R3上备受好评的眼控对焦功能，此次在EOS R5 Mark II上也有搭载，眼控对焦功能会检测用户的视线位置并快速移动对焦点至用户眼睛看到的被摄体上。EOS R5 Mark II的电子取景器眼部检测区域更大，使用更多数量的LED光源，提高了眼部错位时或佩戴眼镜时的检测稳定性，新开发的小型光学元件和改进的视线检测算法将检测帧率提高至约为EOS R3的两倍，因此检测更加稳定，眼部移动追踪更快。
EOS R5 Mark II支持对焦预设功能，允许用户存储特定的对焦位置，以便在需要时快速调用。到目前为止，对焦预设功能只能在超远摄镜头上使用，但现在可以将其分配到相机或镜头的按钮上，与所有支持自动对焦的RF镜头一起使用。此外，EOS R5 Mark II延续了EOS R3所采用的追踪系统，可以在单点、定点和区域等自动对焦模式下在整个图像区域内追踪被摄体。
